微生态制剂能够通过自身的代谢活动，产生生物絮凝因子，絮凝水中的悬浮物，沉降在水底；
功能菌种产生胞外酶和活性菌膜，固定底泥，阻断底泥中的有机物、氮磷等污染因子向水体释放，提高水体的通明度；功能菌种以活性菌膜为平台，自上而下逐步降解底泥中有机物和氮磷等污染物，矿化底泥，形成具活性颗粒底泥；
功能菌种将黑臭底泥降解成小分子营养物质，促进水体中浮游藻类的生长，提高水体溶氧量，同时促进其他细菌的生长繁殖，形成底泥中的微生态系统，促进以底泥为底物的二级生物链的形成，促生以细菌为食的原生、后生生物等浮游生物的生长，提高碳循环代谢能级；
水体中溶氧量、通明度的提高，浮游生物的丰富，为高一级滤食性生物提供了生长环境，促进其大量生长繁殖，形成第三级生物链；
通过以上四步对水体环境的改善，为各种鱼类生长提供了条件，形成第四、五级生物链；
通过以上五步，解处理完成，矿化度提高，再移植苦草、金鱼藻、黑藻等沉水植被，彻底形成稳定的生态系统。
